刘天龙被俘，风雷行动圆满完成。解放军在搜查旅馆时发现了密室内藏匿的另一批二号病毒。终于，锦玉、雅琴等人与燕双鹰团聚，原来狙击刘天龙的正是雅琴。李延平在秘密会议上宣布风雷行动结束，燕双鹰和李瑞山恢复了真实身份。现在迫在眉睫的任务是迅速将老板押送至重庆，会议讨论决定采取“暗度陈仓”计划，燕双鹰留在宜宾吸引敌特，而李延平、吴玉霞和李瑞山则负责运送老板，货物则交由宜宾军管会保管。
林玉仙陷入了心理困境，向燕双鹰敞开心扉。面对她敏感真诚的情感，燕双鹰不禁道出了他内心深处的秘密——他逝去的爱人叫做小玲，而林玉仙身上则有着她的影子……
随着风雷行动的完成，赵雅琴与燕双鹰即将分别。雅琴感到悲伤和孤寂，而燕双鹰虽然舍不得，却将国家大义置于首位。锦玉准备带着如常回到重庆，解散码头投奔工会，众人依依惜别。李延平一行人乘船离去后，燕双鹰前往安顺寨处理接管事宜。
