1950年夏，朝鲜战争爆发，形势急转直下。国内外局势骤变，大西南地区涌现出大量解放战争中溃败的国民党残余势力，他们不断骚扰破坏，企图配合美蒋反动势力，对抗新生的人民政权，给中国的稳定带来了巨大威胁。毛主席党中央决定集中优势兵力，清剿顽敌，根除匪患，拉开了新中国成立后最大规模的剿匪战。
1949年3月的南京，陈诚将国防部制定的详细反攻计划《重光计划》拿了出来，还有德国工程设计的特殊装置“灵谷之音”，里面有重光计划的核心内容。他们准备以西南地区为依托，展开反攻。然而，这一行动并非易事。
少侠发现了代号为老鸭的残余势力。老鸭要求他占领青顺为反攻做准备。同时，教导员发现火车站的305车皮不见了，特务在调度室搞小动作，但幸好被及时发现。西南工作的重中之重是肃清土匪。然而，廖少侠却率反动武装的旧部对团里的领导进行围攻，这一事件引起了总部的重视。
在这个动荡的时期，各种势力纷纷出现。顺保兴号的廖家镖队遭到土匪埋伏，政府要颁发商家楷模，但廖掌柜却拒绝认同新政府。在一五六团哗变后，青顺陷入混乱，各方势力开始角逐。
红旗带人去剿叛军，但叛军却肆意妄为，强行占领医院，这一举动遭到了叶子的指责。同时，廖少侠也面临着内外交困的局面，尤其是与老鸭的矛盾。
在这场新中国的剿匪战中，各方势力都在试图扭转局势，这将是一场艰难而充满挑战的战役。
