赤霞再次施展休眠术，将宁采臣和小倩送回千年以前。宁采臣依靠自己在树干上的记号找到宁定光的家，定光告知两人轩辕神剑即将铸成。然而，神剑的来历却涉及女娲娘娘的晶石，这使得定光深感责任重大，同时也为神剑可能带来的乱世忧心忡忡。
宁定光向宁采臣和小倩详细叙述神剑的来历，他在20年前偶然获得了女娲娘娘补天的晶石。这块晶石汇聚了日月之精华、天地之灵气，是铸造神剑的绝佳材料。然而，定光也明言，如果神剑落入恶人之手，他将毫不犹豫毁去这把至高无上的武器。
在铸剑之际，聂晨的一次误碰引发了一系列的误会和冲突。宁定光对聂晨产生了误解，而在夜晚，一名神秘黑衣人的出现更是使得局势复杂。小倩在与黑衣人激烈交战中受伤，一场潜在的危机在这一夜逐渐显露。
妖姥姥不断催促陶晋和小环对宁采臣采取行动，引发了一系列的阴谋。在此期间，小环企图用一些危险手段来迫使老夫人离开宁府，但陶晋却出手阻止。感受到陶晋和小倩的感情，陶晋警告小环不要破坏他与小倩的关系。
小倩受伤后，宁采臣和她决定逃避聂晨的追杀。小倩却发现了聂晨背上的抓痕，怀疑他就是昨晚偷剑者。情节紧张，而此时，休眠术的时辰到了，宁采臣和小倩被带回了现实。
梦中小倩见到聂晨与宁定光争夺神剑，梦醒后宁采臣前来安慰。然而，宁府内部危机四伏，月容透露了小环险些置老夫人于死地的事情，她请求宁采臣采取措施赶走陶晋和小环。宁采臣将这一切告诉燕赤霞，一场神剑之谜的争端正悄然卷土而来。
